LNCRNA研究策略
一、 lncRNA筛选：
- 1. 通过lncRNA芯片或RNA测序等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行lncRNA表达谱分析；
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- 2.通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的lncRNA，构建共表达网络，预测lncRNA的靶基因；
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- 3.通过PCR或NorthernBlot技术对候选lncRNA验证，确定其表达差异。
二、lncRNA确定：
- 1.通过5'RACE获取lncRNA5'全长，3'RACE获取lncRNA3'全长，最终拿到完整的lncRNA序列。
三、表达分析：
- 3.表达水平动力学变化：比较不同处理条件下，如药物处理、诱导处理下，表达水平差异。
四、 功能研究：
- 1.功能获得性研究：构建lncRNA过表达载体:原则上是将全长lncRNA定向克隆到表达载体上实现lncRNA的过表达。然而有些lncRNA很大或全长尚未分离，这时将视lncRNA在 基因组上 的定位采取不同的研究策略。
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- 2.功能缺失性研究：可通过siRNA、shRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA，干预lncRNA后检测其对疾病相关基因表达的影响和对细胞表型如增值、凋亡、侵袭、转移等的影响；
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- 3.采用RNApulldown、RNA-RIP(RNABindingProteinImmunoprecipitation)、ChIRP-seq(ChromatinIsolationbyRNAPurification)等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质。
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- 4.采用lncRNA芯片分析技术结合mRNA对lncRNA功能进行预测，研究lncRNAtrans和cis作用机制。
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- 5.采用配体指数级富集系统进化技术(systematicevolutionofligandsbyexponentialenrichment，SELEX)，设计一种RNA配体，与癌症相关的lincRNA结合达到抑制肿瘤细胞的生长和转移。
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- 6.采用快速预测RNA与蛋白质相互作用与结构域（catRAPID）在线算法来预测RNA与蛋白质的相互作用，该算法根据RNA和蛋白质的二级结构、氢键和分子作用力来评估它们之间的相互作用的倾向。
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- 7.采用非编码RNA沉默和定位分析（c-KLAN）技术对lncRNA进行功能缺失（Loss-of-function）研究和细胞定位，该技术是在基于核糖核酸内切酶制备的小干扰RNA（esiRNA）和荧光原位杂交（FISH）2种现有的研究方法的基础上建立起来的。
五、 表达调控：将lncRNA表达与其他领域相结合，解释lncRNA调控机理。
- 1.DNA甲基化：可通过检测相应基因甲基化差异与lncRNA结合分析。
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- 2.转录因子：研究lncRNA与转录因子的调控机制。
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- 3.染色质重塑：lncRNA表观调控。
六、LncRNA研究案例：
七、lncRNA的研究背景及其与疾病的关系
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