寡核苷酸合成是指采用适当的化学反应方法将核苷单体(碱基原料)逐个连接起来， 从而获得数十上百个单链寡聚核苷酸的过程。根据核糖核苷与脱氧核糖核苷单体的区别，分为寡聚核糖核苷酸合成（RNA合成）与寡聚脱氧核糖核苷酸合成 （DNA合成）。由于合成的很多寡聚脱氧核糖核苷酸被用于PCR扩增的引物，所以，寡聚脱氧核糖核苷酸合成通常也被称为引物合成。

DNA的化学合成广泛用于合成寡核苷酸探针和引物，有时也用于人工合成很短的基 因和反义寡核苷酸。目前寡核苷酸均是用DNA合成仪合成的，大多数DNA合成仪是以固相亚磷酸酰胺法为基础设计制造的，使寡核苷酸的化学合成达到了精确、 高效和自动化的程度，为遗传工程提供了崭新的手段。

固相合成的基本原理是将所要合成的核酸链的末端核苷酸先固定在一种不溶性高分子 固相载体上，然后再从此末端开始将其它核苷酸按顺序逐一接长。每接长一个核苷酸残基则经历一轮相同的操作，由于接长的核酸链始终被固定在固相载体上，所以 过量的未反应物或反应副产物可通过洗涤的方法除去。合成至所需长度后的核酸链可从固相载体上切割下来并脱去各种保护基，再经纯化即可得到最终产品。